久病痼疾，络伤入血，化瘀 脾胃病多为饮食劳倦，或情志内伤，肝失疏泄，以致中焦气机阻滞，日久影响血络通畅，而致络脉瘀阻。亦有疾病迁延日久，气血津液亏虚，无以荣养血脉，络脉涩滞而致瘀血内停，或阴虚燥热，耗伤阴血，又灼伤血络，血溢于外，留而成瘀。是故《临证指南医案》云，“初病在气，久必入血”，“胃痛久而屡发，必有凝痰聚瘀”。 气滞与瘀血互为因果，互为影响。气滞日久，必有血瘀，瘀血留而不化，则气滞更甚，导致病势缠绵，难以根治。连老慢性胃病时，尤为注重化瘀。因气滞而血瘀者，往往在药中酌加化瘀之药，常用枳壳、佛手、丹参、郁金、红花、桃仁、川芎等，以促进气血运行，消散胃络瘀血，使营血流畅，瘀消络通。因气虚而血瘀者，常用补中汤健脾，升降气机，佐以丹参、白檀香、降香、延胡索等兼调气血，达到气旺则血行，血行则瘀散。连老善用丹参，取其破宿瘀而生新血，功同四物，既可又可养血。如用丹参饮，可除心胃诸痛。对于胃火亢盛灼伤血络致瘀血者，可用丹皮、丹参、赤芍等凉血、、散瘀；对于阴虚津伤之证，可用北沙参、麦门冬、当归、丹参、三七、白及等以养阴和血、消肿生肌。现代医学表明，化瘀药不但有止痛作用，还可改善胃黏膜的血液循环，消除炎症细胞浸润，促进病灶恢复，防止组织异型增生。
祛湿为要，调气温运，分消走泄 《素问·异法方宜论》记载了“一病而治各不同”，乃“地势使然也”。连老十分重视自然环境对疾病的发生以及转化的影响，认为江浙为水乡之地，湿盛之地，人在其间，无以避之，脾极易为湿邪所伤。《临证指南医案·湿》云：“湿为重浊之邪，若邪从外而受者，皆由地中之气升腾，从内而生者，皆由脾阳之不运。虽云雾露雨湿，上先受之，地中潮湿，下先受之。”脾之健运升清，依赖脾阳的温煦。若脾阳不足，则寒湿内生，壅滞中焦，使气血化生无源。须湿邪得化，脾方能健运。 连老认为，脾喜燥恶湿，易为湿困，故脾病须细察有无兼湿，然后权衡虚实，孰为主次而兼治之。如湿邪重浊困脾者，首要调畅气机，正如《温病条辨》所云：“气化则湿亦化。”如三仁汤、平胃散、胃苓汤、藿香正气散等随证加减，意在通过芳化、苦燥、淡渗等法祛湿醒脾，复其灵动之性。至于脾气虚弱而生湿者，老师善用温阳法。脾气虚者，临床用四君子汤加减；兼气滞，则加陈皮补气行滞化湿；若兼痰浊，则加制半夏以燥湿化痰。脾气湿者，选用参苓白术散、资生丸健脾、渗湿止泻。如脾阳不足，寒湿内生，症见脘腹冷痛、下利清谷、肢体肿胀等，则善用理中丸或附子理中汤以治之。 临证常有湿蕴化热，湿与热胶结为患，郁闭气枧。如见口干咽苦，便结溲黄，苔黄厚燥，此为热重于湿，连老常于化湿之方中佐以黄连、黄芩、蒲公英、白花蛇舌草等清热之品，尤须注意苦寒清热量不宜大以防损伤脾阳，败坏胃气，贻误病机。
连建伟认为，胆为“中正之官”，清净之腑，恶烦扰，恶壅郁；又主决断，谋虑出焉，若病后，或久病而宿有痰饮未消，胸膈余热未尽；或胃中痰饮邪热郁结，胃失和降，痰热必然随胃气之逆而犯胆腑，使其欲清不得，欲静不能，必伤少阳温和之气，以致虚烦不得眠、胆怯心悸等。方中半夏辛温，燥湿祛痰、和胃降逆，为君药。陈皮辛苦温，燥湿化痰、和胃，茯苓健脾祛湿，生姜辛温，祛痰止呕，又可解半夏之毒，均为臣药。竹茹性寒，清热涤痰、除烦止呕；枳实苦微寒，下气行痰，与半夏相配，气顺痰消，气滞得畅，胆胃得和，均为佐药。少量甘草调和诸药，以为使。恐大枣之滋腻碍湿，故去之不用。诸药合用，化痰而不燥，清热而不寒，使痰热尽去，胆腑自然恢复其少阳温和之气，故以“温胆”名之。
2002年被国家人事部、卫生部、国家中医药管理局确定为“全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师”。编著出版了《历代名方精编》、《金匮方百家医案评议》、《古今奇效单方评议》、《金匮要略校注》、《中医必读》、《连建伟中医传薪录》等著作。并先后担任国家规划教材《方剂学》编委、副主编，主编,协编教材中药专业《方剂学》副主编，共发表专业论文80余篇。《金匮要略校注》获国家中医药管理局1992年度中医药科技进步二等奖。精于脉理，平脉辨证，擅长运用经方及后世各家医方，数方相合，化裁得宜，尤对内科脾胃病有丰富的经验。